Sekolah Menengah Pertama (SMP) Negeri 6 Makassar, dahulu adalah sebuah sekolah dasar yang hanya diperuntukkan bagi anak-anak Eropa, bernama Eerste Europeesche Lager School (EELS). Sekolah ini dibangun pada tahun 1910 dan menjadi salah satu gedung sekolah tertua di Makassar. Walaupun pada awalnya EELS hanya menerima murid-murid dari bangsa Eropa, pada tahun-tahun kemudian akhirnya anak-anak dari bangsa pribumi yang terpandang di mata pemerintah Hindia Belanda, termasuk pula dari etnis Tionghoa diterima untuk mengenyam pendidikan di sekolah ini.

Setelah beberapa tahun kemudian, pemerintah Hindia Belanda beranggapan bahwa hal tersebut berdampak negatif pada tingkat pendidikan di sekolah-sekolah Holland lnlandsche School (HIS) dan Holland Chineese School (HCS), sehingga EELS kembali dikhususkan bagi warga Belanda dan/atau Eropa saja. Pada saat pengajaran di kelas, EELS menggunakan Bahasa Belanda sebagai bahasa pengantar dalam kegiatan belajar mengajarnya. Pendidikan EELS berlangsung sekitar tujuh tahun. Mata pelajaran yang diberikan pada tingkat pendidikan dasar umum meliputi : Membaca, Menulis, Berhitung, Bahasa Belanda, Sejarah Belanda dan Hindia Belanda, Ilmu Bumi, Pengetahuan Alam, Menyanyi, Menggambar, dan Olahraga.

EELS menjadi salah satu sekolah yang besar dan terkenal di Makassar, tentu saja jumlah siswa yang terdaftar di sekolah ini juga bertambah dan membludak, sehingga pihak sekolah harus melakukan upaya penambahan dan pengembangan unit bangunan secara vertikal untuk seluruh unit bangunan sekolah berhubung lahan yang terbatas.

Hingga berakhirnya Pemerintahan Hindia Belanda, tercatat ada empat EELS yang pernah ada di Makassar, salah satu EELS yang didirikan oleh Frater dari Tilburg pada tahun 1934. Tokoh nasional yang pernah mengenyam pendidikan di sekolah EELS Makassar ialah Wage Rudolf Supratman, walaupun nantinya sang pencipta lagu kebangsaan Indonesia Raya ini akhirnya harus bermasalah dengan pihak pemerintah Hindia Belanda karena statusnya sebagai bukan orang Eropa, tetapi Wage Rudolf Supratman pernah merasakan sekolah di EELS di Makassar beberapa bulan.

Kini, gedung EELS yang telah berubah dan menjadi Sekolah Menengah Pertama (SMP) Negeri 6 Makassar ini sudah tidak meninggalkan jejak bangunan awal. Gedung terakhir yang dibongkar ialah gedung yang berada di bagian belakang sekolah ini. Terpisah dengan gedung utama, tepatnya di samping Sekolah Nusantara, yang dibongkar baru-baru ini dan digantikan dengan gedung baru.

Dahulu, lokasi sekolah termasuk dalam kawasan Europeesche Wijk atau permukiman Eropa dan sangat dekat dengan lokasi tempat tinggal siswanya. Tercatat dalam Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala Provinsi Sulawesi Selatan dan Tenggara, dengan nomor register 553.