Kedatangan frater-frater dari Tilburg, Belanda untuk mendukung dan menjalankan misi sosial umat Katolik di Makassar, membuka jalan pendirian sekolah ini pada tahun 1934. Sebelumnya pada tahun 1927 telah dibuka sekolah khusus putri di daerah Arendburg sekarang di wilayah Rajawali oleh Prefektur Apostolik Sulawesi dibawah pengelolaan para suster-suster Katolik.Sumber lain menyebutkan asal-usul didirikan sekolah Frater ialah ketika Frater Pastoril mengadakan kegiatan sosial pada tahun 1940 didirikan Katholieke Sociale Bond disingkat (K.S.B ) oleh Frater Tilburg, lalu membangun gedung sekolah yang memadai bagusnya (sekarang sekolah Frater).

Dahulu, sekolah Frater setingkat Eerste Europesche Lager School (EELS) atau sekolah dasar, merupakan sekolah khusus putra,sehingga disebut sebagai sekolah pangeran. Pada awalnya sekolah ini didirikan khusus bagi putra-putra Eropa. Namun pada tahun-tahun kemudian anak-anak dari bangsa pribumi yang terpandang di mata pemerintah Hindia Belanda termasuk dari etnis Tionghoa diterima untuk menerima pendidikan di sekolah ini.

Sebenarnya hal tersebut bertentangan dengan prinsip para frater untuk menjalankan misi sosial di bidang pendidikan.Menurut Eerenbeemt, Misionaris Katolik sebelum kedatangan Jepang di Makassar tahun 1942, sekolah khusus anak-anak Eropa ini ialah sebagai permulaan kegiatan para misionaris agar bisa melakukan pendekatan dengan pihak penguasa. Sehingga tujuan mereka bisa berjalan dengan baik tanpa adanya halangan.

Pendidikan Katolik sejak semula berusaha menanamkan disiplin sekolah yang ketat dengan kehidupan sekolah beragama menurut ajaran Katolik.Namun meskipun ajaran yang ketat,sekolah ini juga menerima siswa-siswa dari agama yang non Katolik.

Sekolah ini setingkat EELS maka kurikulum pelajarannya sama dengan sekolah EELS lain yang ada di Makassar. Tetapi fasilitas siswa dalam pembelajaran cukup berbeda.Misalkan;menulis atau menggambar menggunakan kertas yang tebal, sementara siswa Holland lnlandsche School(HIS) menggunakan batu tulis.

Bangunan pun sangat berbeda jauh, EELS dengan fasilitas gedung berarsitektur modern sedang HIS dengan bangunan yang terbuat dari bambu, kayu ataupun atap dari daun padi yang dikeringkan. Hal ini membuat anak-anak terpandang kalangan pribumi berusaha memasukkan anaknya di EELS. Pada tahun 1938, menjadi schoolgebouw, dibuka sekolah untuk tingkatan Sekolah Menengah Pertama atau SMP Frater. Kepala sekolah pertama ialah Jacobus Johannes Maria de Lange atau Frater Harold CMM, seorang Frater berkebangsaan Belanda yang berjiwa sosial tinggi.

Kurangnya buku pelajaran untuk siswa SD dan SMP dalam lingkungan sekolah Frater, di tahun 1950 para Frater CMM berinisiatif membangun unit gedung percetakan untuk pemenuhan kebutuhan akan buku-buku teks pelajaran, tidak hanya untuk lingkungan sendiri tetapi juga untuk sekolah-sekolah di Indonesia Timur. Namun di tahun 1980 percetakan ini pindah ke Manado, Sulawesi Utara, ketika rumah Biara Frateran Ujung Pandang ditutup oleh Kongregasi Frater CMM. Tahun 1982 sekolah ini mulai menerima murid perempuan. Kini, sekolah ini bagian dari Keuskupan Agung Makassar, bersama dengan sekolah-sekolah Katolik di Makassar dan Gereja Katedral Makassar. Di kawasan kompleks ini juga telah dibangun sekolah Taman Kanak-kanak dan Sekolah Dasar Frater.

Sekolah Frater menjadi salah satu sekolah terbaik dan menjadi incaran banyak siswa untuk melanjutkan pendidikannya. Sebab sekolah ini mampu memberikan motivasi dan memaksimalkan proses pembelajaran bagi siswa. SMP Frater merupakan salah satu sekolah dari sekian banyak yang memenuhi indikator terbaik, dikenal sebagai sekolah yang berdedikasi tinggi dalam meningkatkan minat belajar siswa menuju kesuksesan menyukseskan.Terbukti dengan banyaknya alumni SMP Frater yang telah menggapai cita-cita dalam dunia kerja dan dikenal beretika dalam kehidupan sosial.

Sekolah dibangun menjadi 2 kawasan yaitu sekolah Taman Kanak-kanak dan Sekolah Dasar Frater berada dalam satu kawasan, sementara tepat disampingnya bangunan sekolah bagi siswa Sekolah Menengah Pertama (SMP) Frater yang dimiliki oleh Yayasan Tunas Muda. Di area belakang terdapat lapangan luas sebagai kawasan penunjang.

Bangunan SMP Frater bergaya arsitektur Kolonial Modern, menampakkan teknologi beton untuk struktur dan konstruksi bangunan. Dinding tembok dengan bukaan jendela yang cross ventilation membentuk pola yang elegan. Sentuhan art deco terdapat pada detail railing tangga dan sisi kiri kanan bidang dinding menuju lantai dua.

Aula Van Russel

Salah satu bangunan yang cukup menarik dari peninggalan masa lalu adalah gedung bekas percetakan buku yang kini difungsikan sebagai ruang pertemuan dan olahraga indoor. Bangunan ini diberi nama Aula van Russel.Denah berbentuk persegi panjang, dari Timur ke Barat. Luas bangunan diperkirakan sebesar 1.806 meter2. Pintu aula berada di sisi Utara dan Selatan sebagai akses dari koridor penghubung gedung utama dan lapangan di belakang.

Ruang aula memiliki 3 pintu. Pintu utama merupakan pintu kayu berdaun ganda. Jenis pintu ini ada dua dan satu pintu lagi berdaun tunggal dengan ukuran yang berbeda-beda. Pintu utama berukuran tinggi ;2.40 m dan lebar;1.20 m. Atap berbentuk perisai dari bahan zync yang kondisinya sudah berkarat termakan usia.Terdapat dormer pada bagian tengah bubungan atap. Sistem struktur rangka kayu penyangga atap berbentang lebar yang menembus langit-langit menjadi daya tarik tersendiri. Ada 21 kayu penyanggah di bagian atas dinding. Aula van Russel memiliki 16 jendela berdaun ganda berukuran tinggi 0.85 m dan lebar 1.45 m. Selain jendela,ada pula ventilasi kaca yang di bagian atasnya terdapat lagi ventilasi kisi-kisi kayu vertikal sepanjang ruangan aula.Terdapat 12 ventilasi kayu ukuran tinggi 0.85 m dan lebar 1.45 m.